KOWR sprawuje nadzór właścicielski nad działalnością 31 spółek hodowli roślin i zwierząt o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej wyszczególnionych w Rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 25 lipca 2018 r. w sprawie wykazu jednoosobowych spółek hodowli roślin uprawnych lub hodowli zwierząt gospodarskich o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej (Dz. U. 2018 poz. 1525 z późn. zm.) W spółkach tych prowadzona jest hodowla twórcza i zachowawcza oraz gromadzony jest najcenniejszy materiał genetyczny roślin i zwierząt decydujący o postępie biologicznym. Dzięki temu polscy rolnicy mają dostęp do wysokiej jakości materiału nasiennego roślin i zarodowego zwierząt.

Bezpośredni nadzór nad tymi spółkami, w imieniu Krajowego Ośrodka Wsparcia Rolnictwa, sprawuje Departament Nadzoru nad Spółkami KOWR.

Ze względu na wiodący kierunek hodowli i rodzaj prowadzonych prac hodowlanych można wydzielić 3 grupy spółek:

• Spółki hodowli roślin - 1 spółka
• Spółki hodowli zwierząt - 17 spółek
• Spółki hodowli koni i stada ogierów - 13 spółek

Spółki nad którymi bezpośredni nadzór sprawuje KOWR mają do spełnienia zadania strategiczne. Muszą – z jednej strony wykonywać działania misyjne, natomiast z drugiej brać pod uwagę rachunek ekonomiczny. Innymi słowy, Spółki muszą być podmiotami spełniającymi ważne zadania z punktu widzenia polityki rolnej państwa, a przy tym muszą być także silne ekonomicznie, aby skutecznie pokrywać koszty hodowli.

Spółki te odgrywają wiodącą rolę w kreowaniu i upowszechnianiu postępu biologicznego w polskim rolnictwie, który jest obecnie uważany za najważniejszy czynnik oddziałujący na wzrost efektywności rolniczej, zarówno z punktu widzenia wzrostu ilości, jak i jakości produktów rolnych. Spółki KOWR dysponują cennym materiałem genetycznym roślin i zwierząt gospodarskich. Stanowi on bazę dla osiąganego postępu biologicznego, który w postaci nowych odmian roślin oraz kolejnych pokoleń zwierząt hodowlanych jest dostępny dla krajowego rolnictwa. Posiadanie tych zasobów stwarza warunki dla stabilizacji cen nośników postępu na rynku krajowym oraz zabezpiecza potrzeby polskiego rolnictwa w przypadku wystąpienia niekorzystnych zjawisk w skali międzynarodowej. 

• Spółki hodowli roślin uprawnych:

1. „PlantiCo - Hodowla i Nasiennictwo Ogrodnicze Zielonki” Sp. z o.o.

• Spółki hodowli zwierząt gospodarskich:

1. Ośrodek Hodowli Zarodowej Osięciny Sp. z o.o.
2. Ośrodek Hodowli Zarodowej Głogówek Sp. z o.o.
3. Hodowla Zwierząt Zarodowych Osowa Sień Sp. z o.o.
4. Ośrodek Hodowli Zarodowej „Gajewo" Sp. z o.o.
5. „Mścice" Ośrodek Hodowli Zarodowej Sp. z o.o.
6. Hodowla Zarodowa Zwierząt „Żołędnica" Sp. z o.o.
7. Ośrodek Hodowli Zarodowej w Kamieńcu Ząbkowickim Sp. z o.o.
8. Ośrodek Hodowli Zarodowej Dębołęka Sp. z o.o.
9. Ośrodek Hodowli Zarodowej „Garzyn" Sp. z o.o.
10. Ośrodek Hodowli Zarodowej w Osieku Sp. z o.o.
11. Ośrodek Hodowli Zarodowej Lubiana Sp. z o.o.
12. Ośrodek Hodowli Zwierząt Zarodowych w ChodeczkuSp. z o.o.
13. Ośrodek Hodowli Zarodowej Bobrowniki Sp. z o.o.
14. Gospodarstwo Rolno-Hodowlane Żydowo Sp. z o.o.
15. Ośrodek Hodowli Zarodowej „Przerzeczyn Zdrój" Sp. z o.o.
16. Przedsiębiorstwo Rolniczo-Hodowlane Gałopol” Sp. z o.o. 
17. Przedsiębiorstwo Rolne Długie Stare Sp. z o.o.

• Spółki hodowli koni i stada ogierów:

1. Stadnina Koni Janów Podlaski” Sp. z o.o. 
2. Stadnina Koni Michałów Sp. z o.o.
3. Stadnina Koni „Racot" Sp. z o.o.
4. Stadnina Koni „Krasne" Sp. z o.o.
5. Stadnina Koni Liski Sp. z o.o.
6. Stado Ogierów Starogard Gdański Sp. z o.o.
7. Stadnina Koni „Nowe Jankowice" Sp. z o.o.
8. Stadnina Koni w Dobrzyniewie Sp. z o.o.
9. Stadnina Koni „Pępowo" Sp. z o.o.
10. Stadnina Koni „Iwno” Sp. z o.o.
11. Stadnina Koni Prudnik Sp. z o.o.
12. Stadnina Koni Nowielice Sp. z o.o.
13. Stado Ogierów w Łącku Sp. z o.o.

Od 1 listopada 2018 r. Departament Nadzoru nad Spółkami wykonuje prawa właścicielskie w Spółkach, w których zakupiono udziały lub akcje w ramach realizacji Ustawy o kształtowaniu ustroju rolnego (Dz.U.2020.1655).

Procentowy udział w kapitale zakładowym Spółek posiadany przez Krajowy Ośrodek Wsparcia Rolnictwa według stanu na dzień 31.12.2022 r.